คลองสามวา เป็นหนึ่งในห้าสิบเขตของกรุงเทพมหานคร สภาพทั่วไปเป็นท้องทุ่ง มีคลองสามวาผ่านกลางพื้นที่และมีคลองซอยเชื่อมระหว่างคลองหลักเป็นก้างปลา ประชาชนดั้งเดิมส่วนใหญ่ประกอบอาชีพกสิกรรม ปัจจุบันเขตคลองสามวาเป็นเขตที่มีจำนวนประชากรมากที่สุดในกรุงเทพมหานคร บริเวณเขตคลองสามวาในปัจจุบันเดิมอยู่ในเขตการปกครองของ อำเภอคลองสามวา ซึ่งเป็นอำเภอหนึ่งที่ขึ้นกับมณฑลกรุงเทพ ต่อมาใน พ.ศ. 2445 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้ยกท้องที่บริเวณทุ่งแสนแสบทางทิศตะวันออกของพระนครขึ้นเป็นเมืองและพระราชทานชื่อว่า "เมืองมีนบุรี" อำเภอคลองสามวาจึงเปลี่ยนชื่อเป็น อำเภอเมือง เนื่องจากเป็นอำเภอที่ตั้งของเมือง (จังหวัด) ใหม่แห่งนี้ จนกระทั่งใน พ.ศ. 2474 ประเทศไทยประสบปัญหาเศรษฐกิจตกต่ำ เพื่อเป็นการลดค่าใช้จ่าย ทางการจึงได้ยุบจังหวัดมีนบุรีเข้ากับจังหวัดพระนคร อำเภอเมืองถูกเปลี่ยนชื่อเป็น อำเภอมีนบุรี

ใน พ.ศ. 2505 กระทรวงมหาดไทยได้ประกาศตั้งตำบลทรายกองดินใต้โดยแบ่งพื้นที่จากตำบลทรายกองดิน โดยในปีถัดมาก็ได้ขยายเขตสุขาภิบาลมีนบุรีให้ครอบคลุมทั้งอำเภอด้วย ต่อมาใน พ.ศ. 2515 มีการปรับปรุงการบริหารราชการเมืองหลวงใหม่ อำเภอมีนบุรีจึงได้รับการเปลี่ยนแปลงฐานะเป็น เขตมีนบุรี ขึ้นกับกรุงเทพมหานคร แบ่งพื้นที่ออกเป็น 7 แขวง
ต่อมาเขตมีนบุรีมีประชากรหนาแน่นและมีความเจริญเพิ่มขึ้น ในวันที่ 14 ตุลาคม พ.ศ. 2540 กระทรวงมหาดไทยจึงได้ประกาศแยกพื้นที่ 5 แขวงทางด้านเหนือของเขตมีนบุรีมาจัดตั้งเป็นเขตใหม่เพื่อประโยชน์แก่การปกครอง การให้บริการของรัฐ และความสะดวกของประชาชน และได้ใช้ชื่อเขตใหม่นี้ว่า เขตคลองสามวา เพื่อคงชื่อในประวัติศาสตร์ไว้ โดยสำนักงานเขตคลองสามวาได้เปิดให้บริการตั้งแต่วันที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2540 พร้อมกับสำนักงานเขตแยกใหม่ทางฝั่งพระนครอีก 5 แห่ง ได้แก่ เขตหลักสี่ เขตสายไหม เขตคันนายาว เขตสะพานสูง และเขตวังทองหลาง